台鐵員工進入台鐵後都必須加入台鐵企業工會，不過有台鐵員工爆料指出，想退出卻遭工會刁難，不退會每年還要繳交1,800會費，批評台鐵企業工會毫無作用。
據《蘋果日報》報導指出，727名台鐵員工與台鐵企業工會理念不合，轉向加入員工自主組成的「台鐵產業工會」，5月初由台鐵產業工會代表發退會函給台鐵企業工會，卻遭台鐵企業工會原封退回，引起員工不滿。
台鐵企業工會對此表示，台鐵產業工會代表性不足，退會也非會員本人親辦，且根據台鐵企業工會訂的章程，只有退休或免職，才會自動解除會員資格。但台鐵產業工會強調，送出的退會通知書依法已具合法送達效力，日後再無給付企業工會會費義務，產業工會也以存證信函再度通知企業工會。