細看市售鮮乳的包裝，會發現主要殺菌的方式分為兩種：巴氏殺菌法、超高溫殺菌法，不同的殺菌方式對鮮乳的營養保留完整度、口感大有影響。
由於超高溫殺菌可將生乳中99.9%的好、壞菌通通消滅，避免鮮乳在供應的過程中因溫度變動而產生變質，濃醇口感為台灣民眾所接受，是目前國內多數的乳品業者所採行的殺菌方式。新世代巴氏殺菌鮮乳，則必須挑選更高品質的生乳，採用較溫和的巴氏殺菌法，保留更接近生乳的清爽口感及營養，因嚴格的生產條件導致國內產量較少，巴氏殺菌鮮乳從源頭開始層層把關並全程冷藏的特性，創造了「新鮮」和「更完整營養」兩大優勢，堪稱鮮乳界的資優生!
歐美國家多以巴氏殺菌鮮乳為主流，巴氏殺菌鮮乳以新鮮、低生菌數的生乳為原料，採用巴氏殺菌法進行殺菌，這種相對溫和的殺菌方式(72℃，15秒或其他殺菌效果類似的溫度時間組合)，可保存更完整的營養與更接近生乳的口感。現今台灣的低溫物流技術已趨成熟，也有業者會搭配膜過濾技術提高食品安全，隨著國人對食品要求提高，巴氏殺菌鮮乳將會更加普及。
劉怡里營養師指出，生乳經超高溫殺菌會產生特殊加熱烹煮風味，若採用巴氏殺菌法，不但喝起來有接近生乳般的口感，同時還能避免生乳中的乳鐵蛋白與免疫球蛋白失去活性，營養更接近生乳。
隨著生乳品質及冷鏈技術日漸提升，台灣市面上已可見到巴氏殺菌鮮乳的蹤跡，包含：瑞穗極制、吉蒸鮮乳、台大鮮乳……等，生乳生菌數標準比CNS國家標準更嚴格，高品質的生乳是製成優質鮮乳的第一步。此外，鮮乳的風味易受光線影響，營養師建議民眾在選購時，可以進一步留意是否採用阻光包材，更能維持鮮乳的新鮮風味。
人氣幼兒食品作家林美君(阿醜媽咪)分享，以往在選購乳品時，只發覺包裝上標示巴氏殺菌法的鮮乳，口感較清爽，跟她在國外喝到的很像，後來才知道不僅口感不同，保留的營養成分竟也不一樣！在食安風暴之後，阿醜媽咪特別注重食材的原味與品質，了解巴氏殺菌鮮乳嚴格的重重把關後，她說：「這才是聰明媽媽的選擇！」