因颱風影響，衛福部疾管署提醒，颱風過後類鼻疽與鉤端螺旋體病例數可能增加，近期恙蟲病通報病例數略降，但仍處流行期，今年台東縣、花蓮縣及高雄市病例數較近二年增加，上周新增3例日本腦炎確定病例，其中2例各居住於嘉義縣、台南市，1例居住於新竹市，今年截至9月26日共計19例確定病例。
腸病毒疫情上升，出現一小波流行。上週全國門、急診就診9018人次，相較前一周7321人次上升23.2％，社區仍以感染克沙奇A型之輕症為主，腸病毒71型仍有散發個案，上週無新增重症確定個案，今年累計21例重症確定病例，其中20例感染腸病毒71型、1例感染克沙奇A5型病毒。
新加坡茲卡本土疫情持續，上週新增7例，累計至9月23日確診387例，包含16名孕婦，個案分布於阿裕尼灣、沈氏通道等9個群聚地區，菲律賓近一週公布新增9名茲卡本土病例，該國今年累計12例，分布於中部省市，韓國近一週公布新增2例境外移入病例，分別自菲律賓及泰國移入。
台灣上周無新增本土登革熱確定病例，今年登革熱本土病例累計377例，另新增5例境外移入登革熱病例，感染國家分別為菲律賓及越南各2例、印尼1例。泰國、馬來西、菲律賓亞及寮國，受颱風影響，全國均有短暫陣雨，再加上前二周颱風致南部地區降雨積水，孳生源增加，本土疫情風險持續。