因莫蘭蒂颱風造成部分蔬菜產區受到影響，此時又適逢中秋節後農產品交易市場休市，農委會特別關心蔬果供應情形，農糧署將持續密切注意蔬果供應情況，適時進行調配供應及因應措施。對於未來花蓮縣、臺東縣及屏東縣等部分地區，因受莫蘭蒂颱風帶來連續降雨影響，累積雨量較高，該會水保局將依降雨情形，即時發布土石流紅、黃色警戒，並通知地方政府做好預防性疏散撤離準備工作，提醒民眾注意安全。另漁業署亦加強廣播，請海上作業漁船嚴加戒備，遠離颱風路徑或儘速進港避風，提醒定置網及箱網養殖業者做好防颱工作，督促各地方政府注意漁船繫留之安全，並配合辦理漁工上岸安置事宜。有關農田水利防災之整備，亦由農田水利處通知各農田水利會儘速完成水閘門檢查作業，並掌握閘門之適切開關時機，以確保民眾生命財產安全。
農委會表示，目前已發布陸上颱風警報，後續恐將造成延伸之災害，各機關單位要密切注意因應處理，務必做好防颱與防汛之各項防救災整備工作。最後，更提醒參與防災及勘災作業的同仁，要注意自身安全，提高警覺，做好相關防救災整備工作。
莫蘭蒂颱風造成南部地區農業損失，農委會主委曹啟鴻關心災損情形，16日由農糧署南區分署長姚志旺、高雄農改場場長林景和及屏東縣政府農業處代理處長鄭永裕陪同前往屏東高樹勘災，曹主委對於農民損失相當不捨，但也呼籲有農損的農民要儘速到土地所在地鄉鎮區公所申請救助。
曹主委表示，屏東高樹是蜜棗主要產區，正逢開花授粉期，農民剛把網子架上去就嚴重受損，深感不捨。曹主委指出，農委會已公告高雄市、屏東縣及金門縣為現金救助縣市，有災損農民在9月26日前要趕快到公所申請，農委會會協助農民復耕，讓農民重新站起來。
曹主委提到，現在網式結構不耐強風，未來農民應考慮採用更堅固設施，才能擋得住強風。曹主委強調，用正面角度來看待未來可能碰到的各種天災，做好防災準備，農委會會給農友最大幫忙及協助渡過難關。