莫蘭蒂颱風為南台灣帶來強風豪雨，行政院農業委員會表示，16日下午5時最新統計，農林漁牧業產物及民間設施估計損失計7億2216萬元，而高雄市損失最為慘重，達4億6823萬元(占65%)，受損作物主要為番石榴，損失金額達2億4941萬元。
農委會調查縣市受損情形，高雄市損失4億6823萬元(占65%)，屏東縣損失1億2978萬元(占18%)，澎湖縣損失4934元(占7%)，臺東縣損失2736萬元(占4%)，臺南市損失1687萬元(占2%)較嚴重。
而農產損失，農委會表示，估計損失金額5億8016萬元(含養蜂損失)，農作物被害面積7603公頃，損害程度24％，換算無收穫面積1830公頃；受損作物主要為番石榴，被害面積1604公頃，損失金額2億4941萬元，其次分別為棗、香蕉、蓮霧及食用番茄等損失金額較多。
農委會指出，畜產損失金額估計達206萬元，主要是雞、鴨、豬等受損所致；漁產損失金額估計2088萬元，主要是青斑及吳郭魚受損所致；民間設施損失金額估計1億1906萬元。