南科考古隊之前在中寮遺址發現4公尺深、直徑1公尺半的古井遺跡，光層層挖掘、搬遷移動就耗費許多人力時間，這是考古隊在南科遺址發現的最大型磚造古井，且磚頭應該是從大陸運來，燒製技術特別，重製後將在南科分館展示，供民眾參觀。
台灣史前博物館南科分館籌備處主任陳俊男說，這口明清時期古井在中寮遺址挖出，上下共有29層，每層以9塊弧形磚組成，且保存狀況完整，開挖清洗後以玻璃纖維包覆保存，近期取出後堆疊在荷園考古工作站，進行維護及整修工程。
當初參與挖掘的工人王淯乾、翁明記回憶，那時適逢雨後，井眼被水沖刷露出，眾人邊抽水邊向下挖掘，為了保持結構完整，最後鷹架立到5層樓高，整整耗費3個月時間才完成。
台南藝術大學藝術史學系副教授盧泰康指出，中寮遺址發現的古井，大約與雲林笨港遺址出土的清代古井時期相距不遠，由古井規模來看，是供應整個聚落所需，且從周邊發現的古物看來，有漢人與平埔族群混居狀況，具有保存意義。
台灣史前博物館南科分館預計2017年開館，這座「大古井」將在重建後移入分館，與漢人文化時期文物一起展示，讓民眾體驗當時的歷史氛圍及生活環境。