YouBike微笑單車為方便民眾查詢租借站、扣款紀錄等，推出官方手機APP服務，下載量至今突破百萬，但使用者普遍認手機APP功能不足，相較民間開發APP來的不好用，希望官方改善會員註冊問題等問題，並新增車輛騎乘管理與紀錄。
YouBike官方手機APP提供租借站列表與地圖，註冊登入會員，提供卡片管理、交易紀錄、維修通報、遺物招領、推播紀錄等功能，近期又推出啟用推播功能，可以在租還車3分鐘內收到系統通知。
官方手機APP看似提供便利的服務，但仍有不少人認為功能有待加強，台北市民何先生說，APP定位會一直搜尋附近租借站，如果人不在台北市，即便不斷更新也無法使用，不如直接上官網查詢比較快。
陳小姐則建議，希望可以新增每月騎乘紀錄與年度成果，搭配計算騎乘多少路程消耗多少卡路里，不要只能查詢近幾期的租借紀錄。
微笑單車公司表示，官方手機APP主要是方便民眾即時查詢紀錄，功能已大家能夠直接使用為主，對於民眾建議會再研議改善。