阿里山森林鐵路自日治時代興建已來，已有百年歷史，但如今卻面臨天災侵襲和多次經營權轉手問題，據林務局指出，每年有高達3億元的虧損，可能將走向結束營運一途。
根據《聯合報》報導，由林務局轄管的阿里山森林鐵路在2010年發生斷樹砸中列車，造成五人死亡，而後行政院委託台鐵經營，隨後由林務局出資、台鐵代管。原計畫由林務局以2年半時間協助台鐵，2016年台鐵全面接手，未料因杜鵑颱風侵襲，全線通車遙遙無期。
通車不僅遙遙無期，「林務發展及造林基金」也即將在年中見底，資金上短缺，鐵路養護成本高也是重要原因。台鐵表示，光是常發生的邊坡土石滑落，修復金額就要上百萬元以上，雖然在去年5月票價已調漲，但卻仍然無法解脫虧本的命運，每年都是「賺1億、虧4億」，客乘量每年也從194萬掉到160萬人次。
虧損連連，但目前林務局和台鐵，卻都沒有要接阿里山森林鐵路的計畫；而近來則委託顧問公司評估林鐵未來營運方式，分析分別或共同營運，以及公司化、成立法人組織或林鐵管理總所等五大方案，經過評估後的最佳方案，是由林務局獨自經營。