1、 流感大流行塞爆醫院
今年初2月後一波H1N1流感大流行，中壯年疫情比往年嚴重，造成超過2000人流感重症入住加護病房，400人死亡，醫院壅塞，疾管署事後統計，其中9成5以上的人皆未接種流感疫苗，疾管署推估是全民流感疫苗接種率不足才引發疫情一發不可收拾。
2、 國內發現首例境外移入茲卡
恐致嬰兒小頭畸胎，茲卡病毒（Zika）引發全球恐慌，疾管署1月19日公布國內首例境外移入茲卡病毒感染個案，為一來台工作的24歲泰籍男性，之後陸續發現境外移入個案，2016年共13例確定病例，均為境外移入，感染國家為泰國4例、越南及馬來西亞各2例，印尼、新加坡、聖露西亞、聖文森及格瑞那丁及美國（佛州邁阿密）各1例。
3、 林奏延赴WHA未提台灣惹議
小英政府上台之後，兩岸關係急凍，台灣今年以觀察員身份出席世界衛生大會（WHA）一波多折，邀請函從苦等不到、再到內挾「一中原則」，儘管最後順利成行，但衛生福利部部長林奏延5月25日於WHA發表5分鐘演說卻隻字未提台灣，引發爭議。
4、 健保大赦4.2萬人取消鎖卡
小英政府上台兌現政見，健保署5月底取消4.2萬名民眾的欠費鎖卡，讓健保卡鎖卡制度正式走入歷史。健保署統計，這4.2萬遭鎖卡民眾，平均每人欠費3至4萬元，總額約20億。
5、 公費流感疫苗擴大接種600萬劑
避免重蹈年初流感大流行覆轍，行政院核准動用第二預備金，2016年10月開打公費流感疫苗擴大採購至600萬劑，且新增青少年、產後婦女、50歲以上成人等免費接種對象，12月底疫苗用罄，採購量、接種率都創下史上新高。
6、 日核災區食品偷渡竄全台
禁令頒布5年，正當政府擬分階段解禁日本核災區食品重新輸入台灣之際，12月11日卻爆出吉野家販售的納豆內附醬油包來自茨城縣，遭疑把關有漏洞，食藥署隨即全台清查日貨，違法產品越抓越多，品項包括納豆醬包、泡麵湯料包、番茄鍋湯底等，且家樂福、無印良品、新光三越等知名通路幾全淪陷。