106年元旦連假自105年12月31日(週六)起至106年1月2日(週一)止，航空疏運期間將自105年12月30日(週五)起至106年1月3日(週二)，國內離島管制航線將自11月1日（週二）上午8時起統一開放訂位。
民航局表示，該連續假期仍以航空旅運需求較大的澎湖(不含馬公-金門航線)、金門及馬祖等離島航線為疏運重點，航空公司已規劃包括澎湖航線(不含馬公-金門航線)496架次，計42,948個座位數；金門航線510架次，計49,162個座位數；馬祖航線82架次，計5,530個座位數；上述3離島航線共計提供1,088架次，計97,640個座位數，後續亦將視需求狀況適時增班。
尖峰時段105年12月30日至106年1月1日臺灣出發至離島方向，以及106年1月1日至1月3日離島出發回臺灣方向之機票，加註「限當日當班次」、「逾期作廢」之使用限制。
提醒旅客如因故無法搭乘原訂航班時，務必於航班起飛前通知航空公司取消訂位，並至原開票處依原機票規定辦理退票，以維護自身之權益。