莫蘭蒂颱風造成金門自1999年丹恩颱風以來最嚴重的災情，讓「海上公園」美譽一夕變色，金門縣政府請求林務局支援鏈鋸及人員20組，以協助清理風倒木、被害林木，林務局即於9月19日派羅東林區管理處支援鏈鋸及人員11組，明日再增派東勢及南投林區管理處計12組人員及鏈鋸，以加速搶通行道路樹、公園環境清潔等，儘速恢復島民正常作息。
金門縣政府對外宣稱，金門樹木倒了500萬株，引起各界質疑，農委會林務局表示，一般造林地林木倒伏損失是以災損實際面積(公頃)計算，行道樹係直接以株數計算，與金門縣政府之計算方式有異。本局羅東林區管理處將派員前往金門，協助金門縣政府人員進行災害調查與後續編列復舊造林計畫。
另外，強颱莫蘭蒂挾帶強風豪雨，於9月15日清晨引發臺東紅葉村紅葉國小後山崩塌土石災害，致使土石流入民宅，行政院農業委員會水土保持局人員立即於15日中午風雨仍強時進入勘查，16日即由孫副局長帶隊並邀集專家學者前進災區，17日清空瓶頸段紅谷橋斷面，截至19日止已完成主流開挖深槽200公尺、村落巷道土砂清除150公尺、第一道防護截水溝105公尺及第二道防護導流主堤完成40公尺等工作，有效導流有害土砂及防護聚落。
李鎮洋局長指示，原訂9月30日前完成全部緊急處理，經緊急調度可提前於9月28日完成，復建的規劃工作也由專業的技師團隊積極規劃，後續針對紅葉村崩塌地坡面處理及野溪治理部分，將研訂合宜的治理對策，治理規劃期間亦邀請林務局及地方政府進行分工整治，以有效保護聚落安全。
李鎮洋局長表示，各項緊急處理工作皆秉持專業，不因是否有高階長官視察而有絲毫鬆懈，農委會深切關心居民需求，已經指示水保局臺東分局，持續加速河道深槽開挖及施做防護導流土堤工作，另外也要積極與原民會、國軍及地方政府相關單位共同進行災區復建工作，讓在地居民早日恢復居家環境及居住安全。