中研院院長遴選爭議引出學界的諸多問題，拋開院長人事問題不談，院士紛紛噤聲不語才是真正讓人憂慮之處。許多人並不認同這次遴選程序，因此參加了相關連署，但擔憂引起困擾而要求不要公開名字，尤其長期在國外的院士參與更為積極，身在台灣的院士卻有太多政治牽絆，因而不敢公開發言。
從這個角度看，言論自由在中研院也遭遇了政治潛規則，學術地位崇隆卻也不敢逾越。
人們在看中研院史的時候，常常感慨即便在威權時代，政治強人也對中研院長和眾位院士敬重有加，即便對他們的作為和言論不滿也只能拂袖而去。但如今自由民主時代，院士們反而沒有了自由表達的空間，只能謹守自己的專業領域，小心爭取研究資源，不願得罪當道，因而鮮少對院內公共事務發表評論。
更有甚者，不論是中研院還是大學，都出現學閥現象，造成研究體系的近親繁殖，出身同一脈絡者才能獲得教職並得到相應的資源分配，外人則毫無染指機會。
這就讓整個學界如同政治圈一樣，充滿黨同伐異，如果中研院內也有政黨政治的話，那麼中研院恐怕已經十幾年都沒政黨輪替過了，這無疑是對民主政治的極大嘲諷。
不僅如此，當下的輿論氛圍崇尚打倒一切權威，也失去了對院士的起碼尊重，黨同伐異的思維也同樣針對院士們，沒有任何人有避開的空間，一旦有人敢站出來表達反對意見，馬上就有人對這個人進行人身攻擊。知識分子原本應該是社會的良心，但當院士都被政治綁架的時候，社會真該到了反省的時候。
